Desinfektan dan antiseptika bisa digolongkan berdasarkan cara fisis dan kimiawi. Secara fisis, yang penting adalah penggunaan panas dan sinar. Panas dapat diperoleh dengan dilewatkan melalui pemanas atau dengan air yang dipanaskan, kemudian disemprotkan ke tempat yang disucihamakan. Jenis sinar yang digunakan dalam sterilisasi adalah sinar ultraviolet dan sinar gamma. Di Indonesia, kecuali untuk peternakan ayam, secara fisis di atas hanya dilakukan dengan menggunakan air panas, selain murah dan gampang dilakukan, juga memiliki kelebihan lain yaitu air dapat memasuki lubang-lubang kecil.
Desinfektan bisa digunakan dengan variasi cara, antara lain : spray, sabun, aerosol atau fumigan.
Secara kimiawi, terdapat beberapa jenis senyawa desinfektan yang tersedia secara komersial dengan karakteristik pemakaian tertentu, yaitu :
Kresol, merupakan biosida yang murah dan efektif bila digunakan untuk bangunan dan tanah, termasuk dinding kandang dan peralatan kandang, Bersifat korosif, toksik pada konsentrasi tinggi dan meninggalkan warna. Senyawa ini tidak boleh digunakan pada kandang yang di dalamnya ada ternak hidup, telur atau daging yang diproses, karena dapat mengakibatkan kontaminasi pada produk-produk tersebut dan bersifat toksik pada manusia dan ternak. Desinfektan ini sangat efektif mengatasi jamur, virus, bakteri, karena mampu mematikan mikroorganisme tersebut.
Fenol organik, cocok digunakan untuk tempat penetasan (hatchery) dan untuk desinfeksi peralatan di dalamnya. Fenol ektif melawan bakteri, virus dan fungi, termasuk bakteri penyebab Tuberkulosis dan John’s Disease serta virus PMK. Fenol dan beberapa senyawa fenolik mempunyai kegunaan sebagai antiseptika, desinfektan atau bahan pengawet.
Amonium kuarterner, dianjurkan untuk mendesinfeksi kandang, peralatan dan tempat penetasan Senyawa ini memiliki dua bagian pada struktur kimianya, satu bagian bersifat hidrofilik dan bagian lain bersifat hidrofobik. Desinfektan ini efektif melawan bakteri gram negatif maupun positif, fungi, virus, tetapi tidak efektif melawan virus PMK ataupun Mycobacterium paratuberculosis, bakteri penyebab John’s Disease. Keberadaan materi organik, seperti feses akan menurunkan aktifitasnya. Desinfektan ini tergolong mudah larut dalam air, sangat efektif menghilangkan bau-bauan, daya kerja tinggi dan tidak berefek pada kulit manusia, meskipun juga menyebabkan karat. Keunggulan lain dari desinfektan ini adalah mudah menembus bagian-bagian sebelah dalam yang menjadi sasaran sanitasi. Kelemahan desinfektan ini adalah menyebabkan karat dan memiliki sifat racun yang tinggi
Klorin, banyak digunakan di rumah potong, disamping itu pula digunakan untuk menjernihkan air pada peternakan, air minum, sanitasi telur, desinfeksi abattoir (RPH) dan RPA serta kandang ayam. Kaporit atau hipoklorit sering untuk sanitasi sapi perah dan lebih aktif dalam air hangat. Efektif melawan bakteri, banyak virus, terutama parvovirus. Bisa dicampur dengan sabun, tetapi jangan dicampur asam. Aktivitasnya yang kuat menurun dengan adanya materi organik, terutama amoniak atau senyawa-senyawa amino. Desinfektan ini termasuk golongan halogen keras yang bisa mematikan bakteri, virus dan jamur dalam waktu relatif singkat. Kelemahan desinfektan ini adalah mudah menyebabkan perkaratan pada peralatan yang berasal dari bahan metal serta dapat merusak kulit manusia. Larutan chlorin efektif sebagai bakterisidal yang digunakan dalam kolam renang. Khlor (Cl2} dalam air membentuk asam hipoklorit (HOCl) dan asam Hidrokhloride (HCl) dengan reaksi : Cl2 + H2O ↔ HOCl. Asam HOCl selanjutnya berperan sebagai desinfektan, bereaksi dengan bervariasi senyawa, baik dengan senyawa anorganik maupun organik atau terurai menjadi menjadi ion H+ dan OCl-, dengan reaksi : HOCl → H+ + OCl- Derajat ionisasi dipengaruhi oleh pH. Ionisasi terjadi pada pH asam sampai netral, sedangkan pada pH alkalis, ionisasi akan dihambat.
Formalin/formaldehid, cocok untuk fumigasi telur yang terdapat di dalam almari yang dirancang khusus dan harus hati-hati terhadap petugas yang menggunakannya, karena formalin merupakan senyawa korosif dan bersifat karsinogenik. Keunggulan dari desinfektan ini adalah mudah menembus bagian-bagian sebelah dalam yang menjadi sasaran sanitasi. Gas dapat diperoleh dengan jalan mencampur Kalium Permanganat dengan formalin. Supaya efektif, maka fumigasi dilakukan pada suhu 30o – 60oC dan kelembaban di atas 75%. Fumigasi ini sangat efektif untuk desinfeksi kandang ayam, dengan syarat kandang dikosongkan, seluruh sela-sela ditutup tirai plastik cukup rapat, dan didiamkan selama 3 – 5 hari. Kandang akan terbebas dari bakteri, jamur dan virus yang mungkin bisa menyebabkan wabah penyakit.
Iodofor, bisa digunakan sebagai antiseptika dan desinfektansia. Iodofor adalah kombinasi iodine dan agen-agen yang larut di dalamnya. Iodofor akan membebaskan iodin bebas jika dilarutkan dalam air. Iodofor merupakan desinfektan yang baik, namun tidak efektif bila ada senyawa organik. Sifat Iodofor kurang toksik dibandingkan desinfektan yang lain. Kekurangannya adalah meninggalkan bekas warna pada pakaian dan permukaan yang lain. Iodine bebas bersifat toksik pada kulit, sehingga dalam penggunaannya Iodine dikombinasikan dengan senyawa organik yang lain dan disebut Iodophor. Contoh Iodophor adalah povidone-iodine (Betadine) yang sering digunakan sebagai antiseptik di rumah sakit. Iodophor merupakan desinfektan yang termasuk golongan halogen. Bahan ini merupakan sintetis dari yodium dan zat organis yang memiliki kemampuan mikrosidal. Desinfektan ini cocok untuk mengatasi semua bakteri gram positif maupun gram negatif, virus dan jamur. Pada konsentrasi 50 – 75 ppm digunakan sebagai desinfektan pada inkubator, kandang ayam dan RPA. Pada konsentrasi 12,5 – 25 ppm untuk sanitasi telur. Pada konsentrasi yang lebih rendah dari 12,5 ppm digunakan untuk antiseptika, dan dicampurkan dalam air minum ayam.
Dikenal juga berbagai antiseptika dan desinfektan bersifat asam, antara lain :
Asam anorganik, HCl dan H2SO4 0,1 N telah dipakai untuk desinfeksi ruangan yang tercemar tinja. Keduanya korosif, sehingga tidak dianjurkan. Asam borat 2 – 5% digunakan untuk jaringan kulit. Bersifat tidak merangsang jaringan, namun daya mematikan jasad reniknya tidak besar.
Asam organik, seperti asam salisilat dan benzoat banyak dipakai sebagai salep. Bersifat germisid lemah, melunakkan tanduk dan dapat membunuh jamur.
Beberapa alkali juga bisa digunakan untuk desinfeksi. Contoh-contoh alkali yang bisa berperan sebagai desinfektan, antara lain :
Caustic soda/ NaOH (sodium hydroxide), sangat aktif jika dicampur dengan air panas, namun bersifat merusak cat, plitur dan tekstil. Perlu melindungi diri pada saat penggunaan, dengan pakaian, sarung tangan, sepatu karet.
CaO (lime/Quiclime) atau gamping, jika ditambah dengan air maka CaO menjadi Ca(OH)2, yang bersifat melarutkan kuman. Gamping banyak dipakai untuk lantai maupun halaman. Apabila berlebihan, akan merusak kuku babi, kambing maupun sapi. Gamping tidak bisa membunuh spora kuman anthrax dan Clostridium. Ca(OH)2 di dalam air dengan perbandingan 1 : 4, menghasilkan milk of lime, digunakan untuk desinfeksi lantai tercemar tinja dan guna mencapai hasil yang memuaskan, maka penggunaan minimal 2 jam. Larutan campuran CaO dengan belerang yang direbus, bisa dipakai sebagai pembunuh parasit.
Khlorhexidine (Nolvasan-S), merupakan sediaan khlor sintetik, alkalis dan mudah larut dalam air serta tidak bersifat toksik. Secara luas bersifat virusidal, terutama terhadap penyebab rabies, efektif melawan bakteri gram positif maupun negatif. Daya kerja tidak dipengaruhi oleh darah, nanah, percikan air susu dan cairan jaringan. Khlor sintetik dipakai untuk desinfeksi alat-alat pemerahan dan ambing. Larutan 0,2 – 5%, digunakan untuk teat dipping. Kadang-kadang khlorhexidine dikombinasi dengan surfaktan, zat warna atau bahan lain, misal : gliserin. Sediaan khlor yang juga banyak dipakai, antara lain : sodium dan kalsium hipoklorit, kaporit, khloramin-T dan iodine monokhloride.