Perlu diingat bahwa vaksinasi adalah salah satu program pengendalian penyakit pada ternak yang bertanggung jawab terhadap kerugian ekonomis yang cukup tinggi apabila dalam pelaksanaanya ternyata menemui kegagalan. Adanya kegagalan vaksinasi menyebabkan angka pesakitan (morbiditas) ternak tang tinggi, penurunan produksi dan tingginya biaya yang harus dikeluarkan.
Beberapa faktor yang menyebabkan kegagalan vaksinasi antara lain:
A. Vaksin. Pembatasan life span (masa berlaku) vaksin yang sudah lewat atau kadaluwarsa menyebabkan vaksin tidak berguna apabila digunakan karena tidak akan menghasilkan imunitas yang diharapkan. Apabila temperatur pada saat penyimpanan dan transportasi vaksin di atas 4 derajat celcius, maka vaksin akan kehilangan potensinya. Demikian pula vial dan bahan asal vial yang tidak memenuhi syarat. Bahan pengencer yang disediakan berkualitas rendah. Seringkali digunakan bahan pengencer berupa air sumur, air destilasi atau garam fisiologis, hal ini tidak dibenarkan. Perlu dicatat bahwa bahan pengencer yang digunakan adalah yang telah disediakan oleh pabrik pembuat vaksin. Bahan pengencer tidak boleh dicampur atau ditambahkan zat apapun.
B. Cara Vaksinasi. Secara khusus dosis dan cara/route pemberian vaksin tertentu sudah ditetapkan oleh produsen pembuat vaksin. Apabila hal tersebut dilakukan tidak sesuai aturan maka terjadilah kegagalan vaksin. Jarum suntik dan dropper yang tidak steril dan tidak stabil akan mengurangi potensi vaksin. Salah dosis, kekurangan dosis vaksin akan menimbulkan imunitas yang kurang. Kelebihan dosis akan menimbulkan immunotolerant dan harga vaksin menjadi mahal. Bahan pengencer yang tidak steril menjadikan vaksin tidak murni lagi. Kadang-kadang peternak menggunakan bahan pengencer berupa air ledeng yang mengandung chlorin, sehingga vaksin kurang menghasilkan potensi antigenisitasnya dan menyebabkan timbulnya antibodi yang kurang. Route pemberian vaksin yang sering digunakan antara lain : intra muskuler (injeksi serabut otot), tetes hidung (intra nasal), tetes mata (intra oculer), subkutan (di bawah kulit). Route pemberian vaksin harus dilakukan sesuai petunjuk produsen vaksin. Kesalahan route pemberian vaksin menyebabkan potensi imunitas yang dihasilkan kurang memuaskan. Jadwal pemberian vaksin seringkali tidak diperhatikan peternak. Beberapa vaksin harus diulang pemberiannya dan dikenal dengan istilah booster. Apabila rangkaian pemberian vaksin yang mungkin terdiri dari booster I dan booster II dan seterusnya tidak lengkap dilakukan , maka imunitas yang diharapkan tidak akan tercapai.
C. Antibodi Maternal. Antibodi maternal adalah antibodi yang berasal dari induk yang diturunkan kepada anak, kalau pada ayam melalui kuning telur pada waktu telur masih ada di ovarium. Kegunaan antibodi tersebut adalah untuk ketahanan tubuh anak terutama pada awal-awal kehidupannya. Antibodi ini diperoleh secara pasif. Vaksinasi yang dilakukan pada saat antibodi maternal masih ada dalam darah sirkulasi, artinya belum secara total dikatabolisme, maka vaksin yang diberikan akan percuma, karena dinetralisir oleh antibodi maternal. Hasil penelitian Zalizar dan Rahayu (1997), menunjukkan bahwa setelah pemberian vaksin ND La Sota ke-I pada ayam umur 8 hari, titer HI (Hemaglutinasi Inhibisi) menurun sangat drastis sampai 78,75% dari antibodi maternalnya, hal ini disebabkan masih ada campur tangan antibodi maternal terhadap keberhasilan vaksinasi. Titer HI setelah pemberian vaksin ND La Sota ke-II, yaitu pada umur 18 hari, ternyata jauh lebih tinggi daripada titer HI vaksinasi ke-I. Demikian pula titer HI setelah vaksinasi ke-tiga, pada umur 28 hari, lebih tinggi daripada titer HI vaksinasi ke-I dan ke-II. Antibodi maternal secara efektif mencegah keberhasilan vaksinasi sampai antibodi tersebut habis, yaitu sekitar 10 – 20 hari setelah ayam menetas.
D. Cold Storage (pendingin). Vaksin harus dipertahankan tetap dingin dari mulai dikeluarkan oleh pabrik pembuat sampai pada saat akan diberikan kepada ternak. Vaksin dan bahan pengencer kadang-kadang menjadi satu tempat, akan tetapi kadang juga terpisah dengan temperatur penyimpanan yang berbeda, hal ini tergantung dari pabrik pembuat vaksin. Tindakan yang lebih hati-hati adalah apabila selama transportasi vaksin ditempatkan di ice box sehingga temperatur yang rendah dapat selalu dipertahankan.
E. Kemampuan Membangun Antibodi. Vaksin yang diberikan akan berhubungan langsung dengan status imun ayam yang menerima vaksin. Immunocompetence adalah istilah yang dipakai untuk menyatakan kemampuan membangun antibodi yang dimiliki oleh ternak. Immunocompetence sangat dipengaruhi oleh faktor kongenital (bawaan lahir) dan faktor lingkungan. Faktor kongenital yang banyak berperan adalah organ-organ limfoid, yang terdiri atas : bursa fabricius pada ayam, thymus, lien yang akan menghasilkan sel-sel limfosit. Bursa fabricius merupakan tempat pendewasaan dan deferensiasi sel-sel limfosit B yang berperan dalam antibodi humoral, sedangkan thymus berperan sebagai tempat pendewasaan sel-sel limfosit T yang berperan bagi pembentukan antibodi seluler. Apabila ada gangguan pembentukan antibodi oleh organ-organ limfoid di atas maka kekebalan tubuh yang terbentukpun akan terganggu. Faktor lingkungan yang berperan menentukan immunocompetence ternak adalah status nutrisi dan penyakit. Nutrisi yang jelek terutama kandungan protein yang rendah akan menurunkan immunocompetence. Temperatur yang tinggi dan tingginya curah hujan juga akan menyebabkan stress pada ternak yang akan menurunkan juga immunocompetence. Penyakit-penyakit strategis pada ayam yang sering menyebabkan hambatan imunitas (immunocompetence) adalah IBD (gumboro) dan ND.
F. Mycotoxin (racun dari jamur) dalam pakan. Adanya mikotoksin yang masuk ke dalam tubuh ternak bersama dengan biji-bijian pakan ternak akan menyebabkan keracuinan dan menurunkan immunocompetence. Mikotoksin mudah berkembang pada lingkungan dengan temperatur tinggi dan kelembaban yang tinggi pula, seperti di negara-negara tropis, termasuk Indonesia.
G. Kontaminan pakan. Pestisida yang mencemari biji-bijian pakan diindikasikan sebagi salah satu faktor penyebab rendahnya immunocompetence. Hal ini berkaitan dengan efek pestisida yang menyebabkan limfositoksik (keracunan pada sel-sel limfosit). Hal ini akan menyebabkan kegagalan vaksinasi. Logam berat, seperti Cu, Cd dan Pb seringkali mencemari pakan. Logam-logam tersebut berasal dari limbah industri, pupuk kimia, rodentisida, asap mobil, cat dan herbisida yang mencemari udara, air dan pakan. Apabila pakan tercemar tersebut masuk ke tubuh ternak maka hal ini merupakan faktor penghambat imunitas ternak.