Terdapat beberapa metode yang dapat digunakan untuk membuat tepung ikan dari ikan segar. metode yang paling mudah yaitu dilakukan pengeringan dibawah sinar matahari. Sebagian besar proses pembuatan tepung ikan melalui tahap pemanasan, pengepresan, pengeringan dan penggilingan menggunakan mesin yang telah dirancang sebelumnya. Meskipun prosesnya mudah, akan tetapi pada prinsipnya membutuhkan keterampilan dan pengalaman khusus untuk menghasilkan produk tepung ikan dengan mutu tinggi.
Ketika ikan dipanaskan, sebagian besar air dan minyak akan hilang. Air dan minyak ini juga dapat hilang pada saat dilakukan pengepresan. Alat pemanas yang saat ini banyak digunakan berbentuk silinder uap air yang tertutup dimana ikan dipindahkan menggunakan alat berbentuk sekrup. Jika pemanasan kurang, maka hasil pressing nantinya tidak memuaskan dan pemanasan yang terlalu berlebihan dapat menyebabkan ikan terlalu halus untuk dipress. Bahan baku ikan segar tidak dilakukan pengeringan selama tahap proses pemanasan. Pemanasan biasanya dilakukan pada suhu 95oC sampai 100 oC dalam waktu 15 sampai 20 menit. Beberapa perusahaan yang bergerak dalam pembuatan tepung ikan, menggunakan suhu 95 oC.
Pada tahap pressing terjadi pemindahan sebagian minyak dan air. Ikan berada dalam tabung yang berlubang, hal tersebut dilakukan untuk meningkatkan tekanan dengan bantuan sekrup. Selama proses pressing, kadar air menurun dari 70% menjadi 50% dan minyak menurun sekitar 4 %. Setelah dilakukan penyaringan untuk memisahkan material kasar dan material yang padat, kemudian material yang padat dan keras ini dilakukan pressing semetode terus-menerus dan disentrifugasi untuk memindahkan minyak. Minyak yang disuling adalah minyak yang dapat dimanfaatkan dan digunakan dalam industri pembuatan minyak goreng dan mentega.
Bagian cair dari proses pressing liquor dikenal dengan nama stickwater yang berisi material yang telah dihancurkan yang beratnya sekitar 9% dari total padatan. Material terbentuk kembali akibat penguapan stickwater sampai berbentuk sirup yang terdiri dari 30 sampai 50 % padatan dan kadang-kadang dijual sebagai ikan padat yang dilarutkan. Pada umumnya produk hasil pressing liquor jika dipress kembali dan dikeringkan maka akan berbentuk tepung.
Ada dua jenis alat pengering, yaitu alat pengering langsung dan alat pengering tidak langsung. Tepung sebaiknya tidak dipanaskan pada suhu yang sangat tinggi, karena penguapan air yang cepat menyebabkan keadaan ikan mendingin, semetode normal produk dipanaskan pada suhu 100oC.
Tepung ikan ini diproses dengan metode yang mudah, yaitu dengan metode memasak dan mengeringkan saja. Fleksibilitas penggunaan ikan yang berminyak, kurang berminyak atau campuran dari keduanya. Proses pemindahan air dengan pressing dan penguapan dari stickwater lebih murah karena pengaruh penguapan lebih efisien dibandingkan dengan menggunakan alat pemanas.
Langkah terakhir yang dilakukan dalam pembuatan tepung ikan adalah penggilingan untuk memecahkan gumpalan-gumpalan atau partikel dari tulang dan dilakukan pengemasan tepung ikan untuk selanjutnya dilakukan penyimpanan di dalam silo. Dari tempat industri pengolahan tepung ikan, tepung ikan yang sudah siap jual kemudian ditransportasikan.