1) Pencegahan penyakit dalam produksi ternak organik harus didasarkan pada prinsip-prinsip berikut :
(a) Pilihan bibit atau galur ternak sebagaimana diuraikan di atas;
(b) Aplikasi praktek peternakan yang baik berdasar kebutuhan setiap spesies hewan yang diternakkan yang mendorong ketahanan ternak terhadap penyakit serta pencegahan infeksi;
(c) Penggunaan pakan organik yang berkualitas baik, bersamaan dengan latihan teratur, sehingga mempunyai dampak yang mendorong terbentuknya ketahanan imunologis alami pada ternak itu sendiri;
(d) Menjaga kepadatan ternak yang baik, sehingga menghindari kelebihan daya tampung (overstoking) serta masalah-masalah lain yang berdampak buruk pada kesehatan ternak itu sendiri.
2) Jika, walaupun dengan upaya-upaya di atas, ternak tersebut masih terserang penyakit atau terluka, maka harus ditangani secepatnya, bahkan jika perlu diisolasi dan dikandangkan tersendiri. Jika pengobatan dengan cara-cara non-organik tidak bisa dihindari, maka hal ini boleh dilakukan walaupun penggunaan cara pengobatan non-organik ini akan menyebabkan ternak tersebut kehilangan status organiknya.
3) Penggunaan produk obat hewan kelompok sediaan farmasetika jenis kemoterapetika dalam peternakan organik harus mengikuti prinsip-prinsip berikut :
(a) Jika penyakit tertentu atau masalah kesehatan terjadi atau mungkin terjadi, dan tidak ada cara penanganan/pengobatan alternatif yang diperbolehkan, atau dalam kasus seperti vaksinasi, maka penggunaan obat hewan kelompok sediaan farmasetika jenis kemoterapetika diperbolehkan;
(b) Fitoterapi (tidak termasuk penggunaan antibiotik), homeopathic atau produk ayurvedic dan unsur-unsur mikro dapat digunakan terutama obat hewan kelompok sediaan farmasetika jenis kemoterapetika atau antibiotik, sehingga dampak therapinya efektif terhadap hewan tersebut;
(c) Jika penggunaan produk-produk di atas dirasa tidak akan efektif untuk menyembuhkan penyakit atau luka, maka obat hewan kelompok sediaan farmasetika jenis kemoterapetika atau antibiotik dapat digunakan dengan pengawasan dokter hewan. Lamanya pemberian adalah sesuai dengan dosis pengobatan dan harus diperhatikan tentang waktu henti obat (withdrawal time) dari masing-masing sediaan farmasetika jenis kemoterapetika tersebut minimum 48 jam.
(d) Penggunaan obat hewan kelompok sediaan farmasetika jenis kemoterapetika atau antibiotik untuk tindakan pencegahan tidak diperkenankan.
4) Pemberian hormon hanya dapat digunakan untuk alasan terapi dan harus di bawah pengawasan dokter hewan.
5) Penggunaan stimulan pertumbuhan atau bahan-bahan yang digunakan untuk tujuan perangsangan pertumbuhan atau produksi tidak diperbolehkan.